清道光28年（1848年）十一月初八彰化大地震，元清觀五門殿（前殿）及戲台崩塌受損，士紳原議遷建縣城南方，後因戴潮春事件而暫緩。清同治5年（1866）由舉人蔡德芳、士紳陳元吉等倡議重修，監生楊祥光負責重修工程，歷經數年的重修仍未竣工，日後由張昭彩、職員莊瓊輝再進行重修工程，至清光緒13年（1887）完成。
同治、光緒年間的重修，元清觀的前殿、戲台規模宏偉壯觀，正殿增高基礎，並加以髹漆，廟宇煥然一新。重修後由泉州七邑（晉江、南安、惠安、同安、安溪、永春、德化）人士舉行三朝慶成建醮，完成開光謝土儀式，此次的重修奠定今日元清觀的建築規模。三川殿楣梁上懸掛「溫陵福地」匾，即訴說著元清觀為泉州人的信仰中心。
日治時期實施市區改正，拓寬天公壇巷（今陳稜路），正殿及後殿右側遭部份拆除。中華民國接管台灣後，元清觀遭居民佔用，至1982年住戶遷出後，由市公所進行修護，1985年8月19日指定為二級古蹟。1999年九二一大地震，元清觀三川殿牆面受損，2002年進行修復，保存元清觀的風貌。2006年4月9日元清觀遭回祿之災，正殿與廂廊燒毀，之後進行古蹟的修復，於2010年12月初重修完成，並於2011年1月5日舉行重修入火安座保安福醮大典。
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